Oito anos se passaram após os acontecimentos de The Dark Knight. Batman não é visto desde que assumiu a culpa pelos crimes do Promotor Público Harvey Dent, seu alterego Bruce Wayne se tornou um recluso, e as Empresas Wayne começam sua derrocada após investir em um projeto de energia por fusão da executiva Miranda Tate - que acabou cancelado após Bruce descobrir o potencial bélico do reator. Por outro lado, com a nova Lei Dent, o Comissário Jim Gordon e a polícia de Gotham City acabaram com o crime organizado ao permitir que seus chefes fossem presos sem julgamento. Em uma festa na Mansão Wayne, a ladra Selina Kyle rouba as digitais de Bruce e um colar de sua mãe, enquanto Gordon desiste de revelar as mentiras escondendo Dent apesar de se sentir culpado. Enquanto Gordon procura um político desaparecido, encontra nos esgotos o terrorista Bane e sua gangue. Gordon é ferido na fuga, e seu discurso com toda a verdade cai nas mãos de Bane. No hospital, promove o policial John Blake a detetive.
Blake - que descobriu a identidade secreta de Bruce - e Gordon pedem a Batman para voltar à ativa, e Bane ataca a bolsa de valores de Gotham, no qual usa as digitais de Bruce para falir as Empresas Wayne. Deduzindo corretamente que um executivo rival, John Daggett, financiou Bane para tomar controle de sua companhia, Bruce passa o controle dela para Tate. Daggett acaba surpreendido pela agenda secreta de Bane, que o mata para tomar controle de seu império de construção.
Bruce decide voltar ao traje de Batman, e com a ajuda de Kyle se encontra com Bane. Este revela que tomou o controle da Liga das Sombras de Ra's Al Ghul, e planeja acabar seus planos de destruir Gotham vistos em Batman Begins. Batman não aguenta lutar com Bane, que o aleija e manda para uma prisão distante e impossível de escapar onde estivera encarcerado. Após roubar equipamentos das Indústrias Wayne, Bane força Tate e Lucius Fox a revelarem o reator a fusão, que se torna uma bomba nuclear ao ter seu núcleo retirado. Em seguida atrai policiais para o esgoto, e usa bombas escondidas que instalou nos esgotos para devastar Gotham e prendê-los no subsolo. Após anunciar em um jogo de futebol americano que possui uma bomba que destruirá a cidade se alguém fugir, destrói as pontes que conectam Gotham ao continente para isolar a cidade. Bane lê o discurso de Gordon em público antes de libertar os presos da Lei Dent da penintenciária, dentre eles Jonathan Crane, que vira líder de uma farsa jurídica para os outrora ricos e poderosos de Gotham.
Ao longo de meses, Bruce se recupera fisica e mentalmente e eventualmente foge da prisão. De volta a Gotham, chama Gordon, Blake, Tate, Fox e Kyle para ajudá-lo a desarmar a bomba antes que esta detone. Batman consegue subjugar Bane, mas Tate o esfaqueia e revela ser a filha de Ra's Al Ghul, Talia, com a intenção de concluir os planos do pai e ainda vingar sua morte pelas mãos de Batman. Antes que Talia detone a bomba, Gordon neutraliza o receptor remoto da mesma, levando Talia a ir atrás do caminhão com o artefato e deixar Bane para matar Batman. Antes que o faça, Kyle atira em Bane com o Batpod. Batman tenta forçar Talia a levar a bomba para a câmara onde Fox poderia neutralizá-la, mas Talia faz esta ser inundada. Talia morre após colidir o caminhão. Batman então usa seu veículo voador para levar a bomba longe de Gotham, e ela explode, aparentemente matando Batman.
Batman é considerado um herói, enquanto Bruce é considerado morto nas revoltas. Seu testamento manda dividir suas propriedades para liquidar dívidas, com a mansão Wayne ficando para um orfanato e o resto da fortuna para o mordomo Alfred Pennyworth. Porém Gordon descobre um novo Batsinal no telhado da polícia, e Fox vê que Bruce tinha instalado no veículo um piloto automático. Alfred encontra Bruce e Kyle na Itália, enquanto Blake - que tem seu nome revelado como Robin - descobre a Batcaverna.

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